Am Morgen des 6. September bot sich auf dem Flugplatz in Fürstenfeldbruck ein Bild des Grauens. Beamte des Bundesgrenzschutzes sicherten den Tatort um die beiden Helikopter und die Leichen.

Bei der Pressekonferenz übernahmen die bundesdeutschen Entscheidungsträger keine Verantwortung für die Geschehnisse. Vielmehr kritisierten sie die israelische Regierung und Politiker arabischer Staaten. Der Münchner Polizeipräsident Manfred Schreiber bestritt, dass der Tod der Geiseln auf Fehler der Polizei zurückzuführen sei.

Am Morgen des 7. September verlas ein Sprecher des israelischen Rundfunks die Namen der getöteten Sportler. Der Sarg David Bergers wurde in die USA ausgeflogen. In Tel Aviv landete ein Flugzeug mit den Särgen und den überlebenden Delegationsmitgliedern. Nach einer militärischen Zeremonie wurden die Toten beigesetzt. Die israelische Regierung erklärte den 7. September zum Staatstrauertag.

Das Massaker von München stellte alles, was die junge Nation bisher erlebt hatte, in den Schatten. […] Wieder einmal waren Juden auf deutschem Boden zur Schlachtbank geführt worden. […] Jetzt brachen die Wunden des Holocaust wieder auf und bluteten.

— Aaron J. Klein: Die Rächer, München 2006, S. 107

Die Stadt München richtete am 8. September auf dem Waldfriedhof ein Ehrenbegräbnis für den Polizisten Anton Fliegerbauer aus. Mehrere Hundert Polizistinnen und Polizisten sowie offizielle Vertreter aus Deutschland und Israel nahmen teil. Bundespräsident Gustav Heinemann und Kanzler Willy Brandt legten Kränze nieder. Ein Vertreter Israels erklärte, dass Fliegerbauer in das Gedenkbuch der israelischen Polizei eingetragen werde.

Schon bald setzte eine Diskussion über den Einsatz ein. Die bayerische Polizei veröffentlichte eine „offizielle Darstellung", in der es hieß, die Polizeischützen hätten „die größtmögliche Zahl der Terroristen ausgeschaltet". Dass die Schützen nicht wussten, um wie viele Geiselnehmer es sich handelte, wurde nicht erwähnt. Am 18. September kam der Innenausschuss des Bundestags zu dem Schluss, eine parlamentarische Untersuchung sei nicht nötig.

Trotz der offiziellen Darstellungen nahm die Kritik zu. Zvi Zamir sprach von „groben Mängeln auf der operativen Ebene". Auch in den Medien wurde Kritik laut: fünf Präzisionsschützen seien zu knapp kalkuliert, die Polizei zu schlecht ausgebildet, die Gewehre ungeeignet gewesen, der nächtliche Einsatz falsch ausgeleuchtet. Auch der plötzliche Abzug des Kommandos aus dem Flugzeug und das zu späte Beordern der Panzerfahrzeuge wurden kritisiert.

Für Bundesinnenminister Hans-Dietrich Genscher stand fest, dass die Bundesrepublik eine Sondereinheit benötigte, die für Geiselnahmen ausgebildet und ausgestattet war. Er beauftragte Ulrich Wegener vom Bundesgrenzschutz mit dem Aufbau. Im April 1973 war die „Grenzschutzgruppe 9" (GSG 9) einsatzbereit. Die Ereignisse führten zu einer Neuausrichtung der bundesrepublikanischen Sicherheitspolitik.

Die Ereignisse wirkten sich auch auf das Leben der in Deutschland lebenden Araberinnen und Araber aus. Etwa 100 Personen, die sich für palästinensische Belange engagierten, wurden ausgewiesen. Unter ihnen war der Ägypter Magdi Gohary, der sich am 5. September als Übersetzer angeboten hatte und dennoch wenig später abgeschoben wurde — ohne sich von Frau und Kind verabschieden zu können.

Das Bundesinnenministerium verbot die General-Union Palästinensischer Studenten (GUPS) und die General-Union Palästinensischer Arbeiter (GUPA). Eine Verbindung zur Geiselnahme konnte nicht festgestellt werden. Die geänderten Einreisebestimmungen für Personen aus arabischen Ländern belasteten insbesondere die Beziehungen zu Ägypten und wurden als rassistisch kritisiert.

Auf Drängen des libyschen Diktators Muammar al-Gaddafi gab die deutsche Regierung die Leichen der fünf getöteten Geiselnehmer frei. Am 12. September 1972 wurden sie nach Tripolis ausgeflogen, wo eine Menschenmenge sie als „heilige Märtyrer" empfing. Tagelang hallte der Ruf „Wir alle sind der Schwarze September!" bei Demonstrationen in der arabischen Welt wider.

Drei der acht Geiselnehmer hatten überlebt und kamen in deutsche Gefängnisse. Am 29. Oktober 1972 entführte ein palästinensisches Kommando eine Lufthansa-Maschine und verlangte den Austausch der drei Inhaftierten. Die Bundesregierung war bereit, die Forderungen zu erfüllen. Die drei Geiselnehmer wurden über Zagreb nach Tripolis ausgeflogen und dort als Helden gefeiert.

Die israelische Regierung hatte sich vehement gegen den Austausch ausgesprochen. Die Entscheidung trug wesentlich dazu bei, dass sich das Verhältnis zwischen Deutschland und Israel verschlechterte.

Israel forderte Vergeltung. Wenige Tage nach Fürstenfeldbruck griff die israelische Armee Palästinenserlager in Syrien und im Libanon an. Zudem bildete der Mossad ein Kommando namens „Caesarea", das an der Planung und Durchführung Beteiligte gezielt töten sollte. Den Operationen fielen auch Unbeteiligte zum Opfer. Bis Anfang der 1990er Jahre wurden mindestens 20 Personen getötet — die Planer des Attentats waren nicht darunter.

Die Familien forderten früh Aufklärung und Zugang zu den Autopsie- und ballistischen Berichten — ohne Erfolg. Ankie Spitzer und Ilana Romano trafen über Jahre nahezu jeden hochrangigen Vertreter der Bundesrepublik. 1976 weigerte sich Genscher zunächst, sie zu treffen; erst Ankie Spitzers Drohung, sein Flugzeug am Abflug zu hindern, überzeugte ihn.

Erst 1992 kam Bewegung in die Sache: Nach einem TV-Interview wurden Ankie Spitzer Auszüge aus den Autopsieberichten zugespielt. Ende August 1992 wurden die Akten offiziell im Bayerischen Hauptstaatsarchiv „gefunden" — tausende Seiten und hunderte Fotografien.

Der Prozess gegen die Bundesrepublik, den Freistaat Bayern und die Stadt München wurde 1994 geführt und mündete in einem Vergleich. 2021 fand bei der Eröffnungsfeier der Olympischen Sommerspiele in Tokio erstmals eine Schweigeminute für die Opfer von 1972 statt.

Wir haben endlich Gerechtigkeit für die Ehemänner, Väter und Söhne, die in München ermordet worden sind.

— Ankie Spitzer und Ilana Romano, 2021

Am 8. Dezember 1972 wurde eine Gedenktafel an der Connollystraße 31 angebracht, die bis heute in deutscher und hebräischer Sprache erinnert. 1995 wurde auf dem Olympiagelände der „Klagebalken" des Bildhauers Fritz Koenig enthüllt. 1999 wurde in Fürstenfeldbruck eine Gedenkstätte eingeweiht: zwölf stilisierte Flammen, die aus einer Granitschale emporsteigen. 2017 eröffnete der „Erinnerungsort Olympia-Attentat" im Olympiapark.

Der ehemalige Fliegerhorst in Fürstenfeldbruck ist nicht öffentlich zugänglich. Mit diesem digitalen Erinnerungsort hat der Landkreis Fürstenfeldbruck die Möglichkeit geschaffen, die Erinnerung an das Attentat wachzuhalten und seiner Opfer zu gedenken.